Una varietà di complicazioni può associarsi alle procedure di chirurgia bariatrica. I rischi dipendono dal tipo di intervento e da eventuali altri problemi di salute presenti prima dell’operazione. Nel postoperatorio, alcune complicanze a breve termine (entro 1-6 settimane dopo l’intervento) possono includere emorragie, infezione delle ferite chirurgiche, occlusione intestinale, nausea e vomito (dovuti ad eccesso di cibo o a stenosi nel sito chirurgico). Altri problemi che possono manifestarsi sono relativi alle carenze di sostanze nutritive, tipiche dei soggetti sottoposti a procedure bariatriche malassorbitive che non assumono vitamine e minerali; in casi estremi, se i pazienti non affrontano il problema, possono verificarsi malattie come pellagra (causata da carenze di vitamina B3, niacina), anemia perniciosa (carenza di vit. B12) e beri beri (causata dalla mancanza di vitamina B1 tiamina).